庆余年的故事背景从人类大灭绝开始，由于人类互相丢核弹，导致地球陷入毁灭，核辐射充斥在大气层以内，残存的人类文明直接倒退回原始时代。
有一所军事科技博物馆由于身处极地而避免了被摧毁的命运，博物馆内的智能电脑分析了出一个神奇的结果：人类文明的进步只能造成人类的灭绝和大自然的毁灭。
因此为了“保护”人类，这个人工智能博物馆通过馆内残留的高级机器人们寻访世界各地的幸存人类，在教导他们生存的基本技能时，不时的压制人类文明的发展，让人类文明始终停留在封建时代。
这个博物馆在人类文明中被称作神庙，而它派出的机器人使者就成了神庙使者。其中脸上蒙着黑布的少年五竹就是神庙使者中最有风度最帅且存在感最高的机器人，他不仅受神庙驱使，本身也有一定的智能。
人类社会在神庙的刻意控制下一直处于冷兵器农业文明时代，此时大陆上有三个国家：
南庆：军力强大，但是文化相对落后，可以当成我们历史中的秦国。
北齐：文化事业先进，但贵族耽于享乐，因此不思进取，军事上长期被南庆压制。
东夷城：港口城市，因为商业发达而不设置城墙，自由之邦，只有城主而没有国王。
叶轻眉出山，造大宗师
工科女博士叶轻眉穿越到故事所在时代，她进入神庙，带走了机器人中最强的五竹、一些武学秘籍和一把狙击枪。
她利用觊觎神庙秘密来北极探访神庙的肖恩和苦荷大师离开神庙，苦荷因此机缘获得突破，成为大宗师，他扶持北齐皇室，成为北齐守护神，创立天一道。
叶轻眉的志向是推动人类文明的进步，推进科技和民主制度，于是她先选择在东夷城经商，想要通过工商业的发展来促进时代进步，但她发现商业再发达也只能为权贵创造财富，还是得从政治上着手。于是她带着五竹去了当时政局混乱，却民风剽悍、军力强悍的庆国。在东夷城期间，她认识了四顾剑，顺便点化了她，第二位大宗师出现。
四顾剑是大宗师中唯一广收门徒的，因此东夷城剑庐拥有当代最多的九品高手，进一步巩固了东夷城中立的地位。
叶轻眉在庆国认识了当时还是不受宠王族的庆帝，以及庆帝的仆人陈萍萍、奶兄弟范建。三人都倾慕叶轻眉。
这个期间叶轻眉给了庆帝霸道真气功法，但霸道真气修炼见效慢且需要经脉尽断才能升级成王道真气，这让年轻庆帝始终没有能够达到宗师水准。后来的一次远征中庆帝受伤导致经脉尽断，无意间练成王道真气，成为第三位大宗师，陈萍萍在庆帝受伤期间为了保护他而失去双腿，从此以后只能靠轮椅代步。
叶轻眉想要借助庆帝来实现自己的抱负，于是用狙击枪干掉了庆帝的对手助他登基当皇帝，并且用内库的商品赚取财富支撑庆帝坐稳皇位，这个期间庆国鉴（监）察院成立，陈萍萍当仁不让担任院长，按照叶轻眉的设想，这个监察院其实是监察皇帝的，用来制约皇权。
叶轻眉进京都时，京都望族叶家的顶级高手叶流云和五竹打架，被吊打后顿悟，有了成为宗师的资本，也就是第四位大宗师。
因此后来加上庆国皇宫内的洪太监有九品巅峰实力，对外宣称是宗师，世人都知道庆国拥有了两位大宗师，加上军事力量最强，庆国成为当代最强国家。
只是北齐和东夷城都拥有大宗师，北齐国土广阔、东夷城有钱，庆国也暂时做不到一统。
（未完待续）
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